徳島県井川町（現三好市）にある。
吉野川に近いＪＲ辻駅から、井内谷川に沿って、
南へ４Ｋｍほど進むと、武大神社がある。
そこから左手方向、井内谷川に沿って２００ｍほどの場所に鎮座。

川に面して、狭い道路に沿って、石垣の上に境内がある。
境内入口の階段を上ると、正面に大きな社殿。
後方に入母屋造の美しい本殿がある。

境内に左手が少し開けており、その奥に八幡神社が鎮座。
馬岡新田神社とは別の鳥居が設置されており、
扁額は「村社八幡神社」とある。

創祀年代は不詳。

もとは、波尓移麻比弥神社と称していたが、
元暦２年（１１８５）、屋島の合戦に敗れて当地に落ちて来た
安徳天皇を合祀し、馬岡大明神と称した。

『平成祭データ』では祭神の中に、安徳天皇が見当たらないが、
境内社祖霊社の祭神として祀られているようだ。

その後、南北朝時代、当地の八ツ石城を築城した
新田義治を合祀し、波尓移麻比弥神社馬岡新田大明神となった。

明治になって、現社名である馬岡新田神社と改めた。

式内・波尓移麻比祢神社の論社。
波尓移麻比祢の「移」を「ヤ」と読み、
「ハニヤマヒメ」を祀る神社と考えられている。

埴山姫命は、伊邪那美命が迦具土神出産による
火傷で死ぬ時にした糞。糞に象徴される土の神である。
同時に出した尿に象徴される水の神は、罔象女神であるが、
阿波の式内社・彌都波能賣神社に比定されている武大神社は、
当社の北２００ｍと、非常に近い位置にある。

当社馬岡新田神社と武大神社、
そして当社境内にある八幡神社をあわせ
三社の森と呼ばれているらしい。

社殿の幕には、新田氏の家紋・引両が染められていた。
本殿の屋根や扉には、卍紋が見られた。
卍紋は、徳島藩主蜂須賀氏の家紋。
神紋なのかどうかは不明。