古来、その性質や伝承、由来、神名などから神々を分類する考えが存在する。
以下は、『諸神・神名祭神辞典』矢部善三著などを参考に、自然に関る神々を列記する。

【日の神】 天照大御神

【月の神】 月読命

【星の神】 天津甕星 （天香香背男） 　惑星　諸伝 大極天帝　天之御中主神 第一、天王星　天之常立尊 第二、海王星　国之常立尊 第三、水星水行　豊雲野尊 副　天王天八降魂尊 第四、木星木行　角杙尊・活杙尊 副　天三降魂尊 第五、土星土行　宇比地邇尊・須比智邇尊 副　天五十合魂尊 第六、火星火行　意富斗能地尊・大斗乃弁尊 副　天八百日魂尊 第七、金星金行　淤母陀流尊・阿夜訶志古泥尊 副　天八十萬魂尊 第八、地星地球五徳　伊邪那岐尊・伊邪那美尊 副　高皇産霊尊・神皇産霊尊 　北斗七星　先代旧事本紀 第一、天枢星（ドゥーベ）　天八降魂尊 第二、天璇星（メラク）　天三降魂尊 第三、天璣星（フェクダ）　天五十合魂尊 第四、天権星（メグレズ）　天八百日魂尊 第五、玉衡星（アリオト）　天八十萬魂尊 第六、開陽星（ミザール）　高皇産霊尊 第七、搖光星（ベネトナシュ）　神皇産霊尊

【土の神】 埴山姫神 波邇夜須毘古神・波邇夜須毘売神 土之御祖神

【水の神】 罔象女神 天之水分神・国之水分神 啼沢女命

【火の神】 火産霊神

【風の神】 級長津彦命・級長戸辺命 龍田風神　（天御柱命・国御柱命）

【海の神】 大海津見神 上津綿津見神・中津綿津見神・底津綿津見神 墨江三前大神　（住吉大神） 上筒之男命・中筒之男命・底筒之男命

【河川の神】 河伯神 瀬織津姫命 弁財天 金毘羅神 與止日女命

【山の神】 大山津見神　（大山祇神） 山津見神　『古事記』 正鹿山津見神・淤縢山津見神・奥山津見神・闇山津見神・志芸山津見神・羽山津見神・原山津見神・戸山津見神 山祇　『日本書紀』 大山祇・中山祇・麓山祇・正勝山祇・䨄山祇 坂之御尾神 手向神　（山嶺神、道守神） 山姫　（木花之佐久夜毘売）

【雨の神】 高龗神・闇龗神

【霧の神】 天之狭霧神、国之狭霧神

【雷の神】 八の雷神　『古事記』 大雷神・火雷神・黒雷神・柝雷神・若雷神・土雷神・鳴雷神・伏雷神 八の雷神　『日本書紀』 大雷神・火雷神・土雷神・稚雷神・黒雷神・山雷神・野雷神・裂雷神 賀茂別雷命 菅原道真

【金の神】 金山彦神・金山姫神

【野の神、草の神】 野椎神 鹿屋野比売神

【岩の神】 磐長姫命 石土毘古神 石筒之男神

【木の神】 久久能智神

【木種の神】 五十猛命 大屋津姫命、抓津姫命

【竹の神】 天忍雲根神、鹽土老翁神

【島の神】 生島神、足島神

【浦の神】 大倉主神、菟夫羅媛神

【五行の神】 天の五行 東（元気木徳神）　泥土煮尊・沙土煮尊 西（元気金徳神）　大戸之道尊・大苫辺尊 南（元気火徳神）　豊斟渟尊 北（元気水徳神）　国狭槌尊 中央（元気土徳神）　面足尊・惶根尊 地の五行 木祖　句句廼馳神 金祖　金山彦神 火祖　軻遇突智神 水祖　罔象女神 土祖　埴安姫神

【地震の神】 大地主神 鹿島大神

【春の神】 佐保姫神

【夏の神】 夏之賣神　（夏高津日神）

【秋の神】 立田姫神 秋毘賣神

【冬の神】 天之冬衣神

【道の神】 道祖神　（八衢比古神・八衢比売神、久那土神、塞ノ神） 道之長乳歯神　（長道磐神） 道俣神 岐神 天来人去者遅神、地来人去者遅神 猿田彦神

【坂の神】 天之狭土神、国之狭土神

【峠の神】 手向神、道守神

【砂の神】 石巣比賣神

【苔の神】 苔蟲神　（磐長姫命の別名とする説がある）

【馬の神】 駒形大神 弥豆麻岐神 蒼前様 馬頭観音

【牛の神】 牛頭天王 野神

【獣畜の神】 麋鹿神

【禽鳥の神】 色鳥神

【貝の神】 酢貝媛神 蚶貝比売・宇武賀比比売

【犬の神】 犬神、狗神、犬頭霊神

【猫の神】 猫神

【兎の神】 白兎神

【亀の神】 天太詔戸命命 雷大臣命

【猿の神】 猿神 庚申　（三猿） 猿田毘古神

【桃の神】 意富加牟豆美命